Село в Забайкалье, на берегу реки Хилок, 50°35'59"с.ш.107°49'36"в.д.
Известно с XVIII века. Являлось вотчиной Селенгинского Троицкого монастыря (под названием деревня Хилоцкая).
Название бурятского происхождения, может означать «сборка», «складка», т.е. местность, где горные отроги перемежаются с падями.
До революции относилось к Верхнеудинскому округу Забайкальской области.
Церковь в селе была построена в 1759 «тщанием прихожан».
На 1830 год к числу прихожан церкви относилось 907 человек в данном селении и 1767 в окрестных.
По данным переписи, на 1897 год в селе Малокуналейском насчитывалось 1386 жителей, почти все – православные.
На карте Забайкальской области в «Настольном атласе А.Ф.Маркса» 1903 года указано как Куналей.
На 1916 год – село Малый Куналей из 265 дворов, центр Малокуналейское волости.
С 1935 года относится к Бичурскому району Бурятии.
На базе местной средней школы создан музей.
Старообрядческое село Большой Куналей находится в Тарбагатайском районе Бурятии, примерно в 100 километрах к северу.

Панорама села